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1 核酸質控是分子實驗的基礎!
對于分子實驗室的科研人員來說,核酸的質量直接影響下游實驗的成功與否。毫無疑問,濃度高、純度高、片段完整的核酸,是實驗室人員理想的核酸樣品。從組織、細胞、微生物等來源純化并富集目標核酸,在進一步處理核酸樣本前,應先對核酸濃度、純度、以及核酸片段完整性進行質控。測量濃度是為了符合下游實驗的樣本需求量;檢測純度是為了確定樣本中是否具有其他核酸、蛋白或化學物質的污染;片段完整性則是評判樣本是否有降解的關鍵點。
2 如何質控核酸濃度和純度?
EzDrop 1000超微量分光光度計,可提供核酸(DNA/RNA)濃度和純度的質控。僅需3秒鐘即可快速完成樣本濃度及純度的檢測。EzDrop 1000動態可檢測波長范圍可達190-1000nm,同時樣品基座具有納米疏水涂層,以確保獲得高精準度結果。EzDrop 1000擁有直觀的操作觸摸屏,操作快速簡單,幫助客戶輕松完成樣本質控。
EzDrop 1000超微量分光光度計
EzDrop 1000檢測主界面
DNA/RNA濃度質控 對于濃度測定,只需在EzDrop 1000主界面上選擇“Nucleic Acid”按鈕,數據清零之后,往載物臺上滴加1-2ul樣本,3秒鐘之后儀器便會給出樣本的濃度數值,載物臺LED輔助燈以及納米疏水涂層的設計,更加確保結果的準確性。
EzDrop 1000 載物臺
LED輔助燈設計
EzEzDrop 1000 載物臺
納米疏水涂層設計
DNA純度質控 標準方法是超微量分光光度計(光吸收)法,通過A260/230和A260/280的比值來判定DNA的純度。當樣品DNA的A260/A280為1.8-2.0時,認為已達到所要求的純度。在樣品中含有蛋白質或苯酚等雜質時,會使A260/A280的比值發生改變。如果A260/A280<1.6,說明有蛋白質或酚等污染。如果A260/A280>2,說明RNA沒有除干凈或DNA已變性。
RNA純度質控 標準方法是超微量分光光度計(光吸收)法,通過A260/230和A260/280的比值來判定RNA的純度。通常A260/280的比值范圍在1.8-2.0之間,如果A260/280>2.0則說明RNA已經降解,如果A260/280<1.8則說明含有蛋白質或其他雜質;而A260/230<2,則表明RNA中含有酚類,鹽等雜質。
EzDrop 1000 DNA樣本測量界面
3 如何質控片段完整性?
核酸樣本不僅需要測量濃度(總量),片段完整性也是評判樣本質量的關鍵點,因此還需對樣本完整性進行質控。Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統是核酸樣本完整性質控的不二選擇。
Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統
DNA片段完整性質控 Qsep軟件具有基因組DNA質量評分值(DQN)系統,可以高效地評估gDNA的質量。數據分析軟件會根據樣本的降解程度以及該樣本高于設定閾值部分的占比,給出0到10之間的DQN值,DQN值越高說明樣本完整性越好,即樣本質量越高。
不同質量gDNA樣本DQN值比較
RNA片段完整性質控 由于RNA酶廣泛存在,RNA樣品十分容易發生降解,而RNA的降解會直接導致下游實驗的失敗。因此,RNA樣本完整性質控顯得更為重要。
對于降解程度比較低的Total RNA樣本(例如血液、新鮮組織提取的RNA),Qsep軟件具有RNA質量評分值(RQN)系統,軟件會根據18s和28s的完整性以及峰面積比,給出1到10之間的RQN值,RQN值越高說明樣本完整性越好,即樣本質量越高。
不同質量Tatol RNA樣本RQN值比較(血液提?。?/strong>
對于降解程度比較嚴重的Total RNA樣本(例如FFPE提取的RNA),通常18s和28s基本完全降解,因此不適合用RQN值來評判這類樣本的質量。針對這類樣本,Qsep軟件具有另一個RNA質量評分值DV200,即樣本中大于200nt部分的占比數。DV200值越高,說明樣本降解程度越低,即樣本質量越高。
不同質量Tatol RNA樣本DV200值比較(FFPE提?。?/strong>
綜上所述,EzDrop 1000超微量分光光度計搭配Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統,可以完美做到核酸樣本的濃度、純度以及完整性全方位質控,使分子實驗再無后顧之憂。